学院面向全国招收本专科生、硕士研究生、博士研究生，并招收外国留学生。学院设有13个系(部)，即作曲系、指挥系、音乐学系、民族音乐系、钢琴系、声乐系、管弦系、音乐教育系、音乐戏剧系、艺术管理系、音乐工程系、现代器乐与打击乐系、公共基础部。涉及6个专业(作曲与作曲技术理论、音乐学、音乐艺术表演、录音艺术、公共事业管理、音乐科技与艺术)、近20个专业方向，既包括了具有雄厚根基的传统专业，也有若干新建的新兴学科与交叉学科。
学院拥有全国第一批建立的硕士、博士、博士后流动站的完整教学、科研体系。含4个硕士研究方向(音乐学、作曲与作曲技术理论、音乐表演、音乐教育)；2个博士研究方向(音乐学、作曲与作曲技术理论)；1个艺术学博士后科研流动站。学院目前拥有2个上海市重点学科(优势学科：作曲与音乐设计，特色学科：音乐文化史)、上海市教育高地1个(音乐表演)、以及上海市高校音乐人类学E－研究院。
学院拥有3个集教学、表演、科研为一体的艺术中心，即周小燕国际歌剧中心、国际弦乐艺术中心、国际钢琴艺术中心；拥有1个音乐研究所，下设中日音乐文化研究中心、中国当代音乐研究与发展中心、上海音乐学院校史研究中心、音乐剧研究中心、音乐教育研究中心、音乐与社会研究中心等。并建有六个音乐表演团体：上海青年交响乐团、上海音乐学院新室内乐团、上海音乐学院弦乐四重奏组、上海音乐学院打击乐团、上海音乐学院民族乐团以及上海音乐学院合唱团。
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